Pío XII fue elegido Papa meses antes del estallido de la II Guerra Mundial. Su respuesta a la guerra y su silencio público respecto al Holocausto, lo han convertido a menudo en objeto de controversia histórica.
Dos años después de que el Vaticano abriera sus archivos de la época de la II Guerra Mundial, se pudo ver que el Papa optó por el silencio para evitar la persecución del Tercer Reich y permitir así que la Iglesia prestara de forma encubierta ayuda humanitaria a los necesitados.
Una de esas formas en las que el Papa apoyó a las personas perseguidas fue utilizando la red de la Iglesia para conectar a judíos y no judíos con sus familias tras las separaciones causadas por deportaciones, despliegues y migraciones forzadas. Se calcula que al final de la II Guerra Mundial había al menos 40 millones de personas desplazadas de sus países de origen.
En el Vaticano y en la [basílica] de Letrán se hospedaron muchos judíos, pero también no creyentes. En Castelgandolfo, la residencia del Papa se llenó también de judíos y allí muchas madres judías dieron a luz.
De hecho, en julio de 2011, el embajador de Israel en el Vaticano, Mordechai Lewy, reconoció la labor solidaria del Papa Pío XII hacia los judíos perseguidos durante la Segunda Guerra Mundial, en un acto en el que se entregó de modo póstumo la medalla de "Justo entre las Naciones" a un sacerdote de la orden de Don Orione por haber salvado familias judías.
El historiador judío Pinchas Lapide calcula que fueron unos 750.000. Y, en efecto, al terminar la guerra, Pío XII recibió muchos agradecimientos. Además, Golda Meir, ministra de Asuntos Exteriores en 1958, el año de la muerte de Eugenio Pacelli, le rindió homenaje en nombre de su gobierno en Naciones Unidas. "Durante los diez años de terror nazi, cuando nuestro pueblo sufrió los horrores del martirio, el Papa alzó su voz para condenar a los perseguidores y para compadecer a las víctimas", dijo la funcionaria israelí.