Según la tradición, dos apóstoles de Jesús, San Judas Tadeo y San Bartolomé, fueron los primeros evangelizadores en Armenia. Después de las primeras predicaciones y a causa de las persecuciones, el cristianismo se difundió por el país de forma secreta. Los cristianos armenios tuvieron entre sus primeros patriarcas a Zemendós, Atrnerséh, Mushé, Shavarsh, Levondios, y Meruyán. En el 301, como resultado de la predicación de San Gregorio el Iluminador, el rey Tiridates adoptó el cristianismo como religión oficial. Por tanto, Armenia fue el primer estado en adoptar el cristianismo como religión oficial.
Hacia el 435 se realizó la traducción definitiva de la Biblia del griego al armenio, usando el alfabeto creado por Mesrob Mashtots en el 406.
Tras el Concilio de Calcedonia, (el cuarto de los primeros siete concilios ecuménicos de la cristiandad) en el 451, la Iglesia apostólica armenia, junto con el Patriarcado de Alejandría y la Iglesia jacobita, consideraron que se rompía con lo acordado en el anterior Concilio de Éfeso (425) y se producía una recaída en el nestorianismo. Por tanto formalmente rompieron la comunión con el papa de Roma y los demás patriarcas, siendo los escindidos considerados monofisitas.
Por tanto, en la Iglesia apostólica armenia se mantuvo lo aceptado en el Tercer Concilio Ecuménico celebrado en Éfeso y el Credo de Nicea.
Igual que la Iglesia católica y la Iglesia ortodoxa, la Iglesia armenia acepta siete sacramentos: bautismo, confirmación, penitencia (confesión), eucaristia, orden sacerdotal, matrimonio y unción de los enfermos. Hay presbíteros casados y célibes, los obispos deben ser célibes.

El jefe administrativo y pastoral de la Iglesia armenia se denomina Supremo Patriarca y Catholicós de todos los armenios.

Más de seis millones de fieles viven dispersos en Estados Unidos, Francia, Canadá, Rusia, Grecia, Siria, Líbano, Israel, Palestina y Argentina.

En el ámbito de su organización interna, una peculiaridad de la Iglesia apostólica armenia es que se encuentra dividida actualmente en cuatro centros jurisdiccionales, en parte debido a los traslados de sede en la Edad Media que dieron lugar a rivalidades, a saber:

Patriarcado Armenio de Jerusalén (Israel)
Patriarcado Armenio de Constantinopla (Turquía)
Patriarcado Armenio de Sis (Líbano)
Patriarca Supremo y Katholikós de Todos los Armenios con sede en Echmiadzin que es el Primado de la Iglesia apostólica armenia.
También existió otra sede patriarcal en Aghtamar (en el lago de Van, este de Turquía) hasta los genocidios de comienzos del siglo XX.

La mayoría de los fieles de esta Iglesia reconocen como líder espiritual a este último y en la actualidad las primeras dos sedes jurisdiccionales tienden a reconocer al último como la cabeza de la Iglesia armenia en su totalidad y están en plena comunión con él.

El Catholikós de Echmiadzin tiene jurisdicción sobre todos los armenios que habitan el antiguo territorio de la Unión Soviética, y sobre casi todos los de la diáspora, lo cual incluye unos 5 millones de fieles.